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洁净实验室不得采用可造成不同检验室之间空气交换的中央空调系统。具有洁净度、温湿度、压力梯度要求的不同功能的实验室，应采用独立新风、回风、排风系统。实验用房应在外墙上应预留潜藏的侧送侧排风口。建筑楼面预留足够的大风量通风井道；重污染控制排风经楼顶排放；轻污染控制排风经侧墙排放；特殊实验室：净化实验室、恒温恒湿实验室、负压实验室等特殊实验室新、排风口均设于建筑立面。实验室通风柜的排风系统宜独立设置，即一柜一管一风机系统，不宜共用风道，不得借用消防风道。
随着洁净度要求的不断提高，还需要用到超过滤器, 那么要求空气处理机组也至少要配置初效、中效、亚过滤器系统, 这样对机组的强度要求更高, 对空气处理机组送风机的压头会更大，而对于生物洁净实验室，含菌量也是主要控制参数之一，在空气净化处理方法上一般应增加过滤器，不仅可以有效的滤去空气中的尘埃，也可以阻断细菌和病毒在空调系统中传播和扩散，特别是过滤器，对于大气中浮游的病毒、细菌的捕1捉效率实际上能达到，也可采用有效防止过滤器细菌滋生的过滤器。如含抗1菌剂INTESEPT的过滤器、二氧化钛过滤器等，过滤器要定期更换。
空调系统应能够对洁净实验室的净化等级参数进行综合控制
洁净空调系统分为集中式与分散式，集中式洁净空调系统又称中央空调，所有空气处理设备（风机、粗、中、过滤器、加热器、冷却器、加湿器、除湿器和制冷机组等）都集中在空调机房内，通过输送管道将精密控制处理后的空气分配给空气末端装置，送到净化实验室里，以不同换气次数和气流形式来实现洁净实验室不同的洁净级别。
这种空调系统热源和冷源集中，对空气的基本参数的调整易于实现，它处理空气量大，也便于净化参数控制，运行可靠，是目前大型集群式净化实验室的首1选方式。
分散式洁净室空调系统大多局限于局部实验室需要净化处理的情况，把单独的空调处理系统安置在净化实验室或净化实验室的不同区域，在出风口通过各类过滤器和净化装置如风机过滤单元（FFU）对空气进行净化处理，每一个末端处理系统可以单独对空气参数进行调节，也可以实现对不同净化实验室净化等级的控制。
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